Filho de Missao Kubo e Wase Kubo, um casal que chegou ao Brasil em 1927, e caçula de sete irmãos, Carlos nasceu em Lins, interior do Estado de São Paulo, em 1949, e aí viveu até mudar-se com a família para a cidade de São Paulo aos 11 anos de idade.
Dizem que um fruto nunca cai longe de sua árvore e, no caso de Carlos Kubo, seus trabalhos são visivelmente influenciados pelas suas raízes japonesas e pela vida familiar, pois seu pai era poeta e escrevia haicais.